量子幻海

培训时间：2025年4月6-11日 上课内容：基因组学、蛋白质组学、单细胞组学、AI+生物信息学 上机实习：系统进化树构建；基因组数据注释和功能分析；比较基因组与泛基因组分析实操；R语言数据分析与绘图；蛋白质组学功能数据的挖掘；单细胞转录组数据分析实例；大数据机器模型的构建等 研习班创始于2003年10月，由DNA双螺旋结构的发现者詹姆斯·杜威·沃森教授与浙江大学沃森研究院首任院长杨焕明院士、基因组学专家于军教授共同创办，2007年后由浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院继续承办，曾四次荣获浙江大学继续教育创新奖，研习班旨在通过基因组、蛋白质组、系统生物学等内容的系统讲授，为学员打开生物信息学的全新领域。 百人平台携手科研：至今我们已举办63期，学员遍布全国30余个省市，学员研究生学历比例接近100%，他们中有一些带着课题或问题前来交流和联系；也有的通过研习班建立了协作关系，共同申请课题，发表论文，其中不少优秀研究成果，已在SCI期刊上发表。 一、培训班上课内容、 ...

线粒体（mitochondrion），是细胞的“能量工厂”，作为一种半自主细胞器，线粒体拥有一套独立于细胞核的遗传物质——线粒体 DNA（mtDNA），人类 mtDNA 的长度为 16569bp，拥有 37 个基因，编码 13 种蛋白，这些蛋白都参与细胞的呼吸和能量代谢。mtDNA 易发生突变，包括碱基替换和缺失，从而导致多种线粒体疾病。据统计，大约 5000 个成年人中就有 1 人患有线粒体遗传病。近年来，刘如谦团队等开发出了能够精准编辑线粒体 DNA（mtDNA）的基因编辑工具。然而，这些基因编辑工具只能实现 mtDNA 的碱基替换或消除致病点突变，对于 mtDNA 的大规模缺失仍束手无策。mtDNA 的大规模缺失，范围从 1.8 - 8 kb 不等，是包括进行性眼外肌麻痹（PEO）、Pearson 综合征以及 Kearns-Sayre 综合征在内的线粒体疾病的常见原因，还与衰老和神经退行性病变有关。因此，我们需要开发新技术以重建线粒体疾病相关 mtDNA 缺失，从而深入研究这些疾病和开发相应治疗方法。2025 年 3 月 10 日，纪念斯隆凯特琳癌症中心 Agnel...

癌症，这个令人闻之色变的疾病，一直是全球医学界的难题，其不仅发病率高，而且死亡率也居高不下。癌细胞的“狡猾”之处在于其能通过血液“旅行”，在机体其它器官“安家落户”并形成转移灶。这些转移灶就像是癌症的“分店”，使得病情变得更加复杂和严重，也大大增加了治疗的难度。目前，阻止癌细胞转移是癌症治疗的关键策略之一，但遗憾的是，针对癌症转移的有效治疗方法仍然寥寥无几。近日，一篇发表在国际杂志EMBO Molecular Medicine上题为“Chaperone-mediated autophagy regulates the metastatic state of mesenchymal tumors”的研究报告中，来自瑞典卡罗林斯卡医学院等机构的科学家们进行了一项开创性的研究揭示了一种此前未知的机制，该机制竟然能够抑制癌细胞的转移能力，其就是分子伴侣介导的自噬过程（CMA，chaperone-mediated...

食管癌是中国人群高发的恶性肿瘤，每年新发病例占全球的53% ，5年生存率不到30%，严重危害人民生命健康。中国患者以食管鳞癌为主，而欧美以食管腺癌为主，两者在发病原因和疾病诊治上存在显著差异。多年的流行病学研究表明，我国食管癌死亡率居高不下的主要原因是患者在早期没有被发现，临床就诊时患往往已到了中晚期，导致平均生存时间不到8个月，5年生存率不足5%。如果能做到早发现，癌患者的5年生存率可达90%以上。因此，如何早发现、早诊断、早治疗，对降低食管癌发病率和死亡率至关重要。癌变是一个漫长的过程，需经历从正常→癌前病变→浸润癌的恶性演进过程。癌前病变是癌变的关键阶段，这方面的检查、治疗技术都非常成熟，如果能在早期发现食管癌前病变并进行胃镜下粘膜切除治疗，就可有效阻止其发展到晚期癌，达到临床治愈。因此，全方位系统性揭示和刻画癌前病变时空演进过程，揭示上皮细胞与其微环境的交互作用，探索肿瘤形成的动态分子路径，进而发现潜在的预防性干预靶点和早诊标志物，成为关键的科学问题。2025 年 3 月 10 日，Cancer Cell 以封面论文形式发表了题为：Single-cell...

5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰是RNA最普遍的修饰之一。m5C修饰通过影响RNA出核、稳定和剪接等过程来参与多种生物学功能。造血干祖细胞为支持生命持续，分化为各种类型的血细胞，是维持血液系统正常功能的核心细胞。造血干祖细胞在发育过程中经历快速的全局转录重编程，这些变化有助于细胞状态和功能转变。但是，全局转录重编程的分子机制以及NA m5C修饰在造血干祖细胞发育过程中是否发挥调控功能等问题尚不明晰。中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）杨运桂研究团队、动物研究所刘峰团队，联合中国医学科学院血液病医院王璐团队，报道了Ybx1蛋白介导的mRNA m5C修饰在发育性造血中的关键作用，并为优化造血干祖细胞体外扩增策略提出了新见解与表观转录组学策略。该研究利用斑马鱼模型，运用转录组测序和RNA甲基化测序等技术，绘制出主动脉-性腺-中肾区新生造血干祖细胞、尾部造血组织区造血干祖细胞以及成体肾髓区造血干祖细胞不同发育阶段的RNA...

红细胞能将氧气从肺部运输到其它器官中，而机体的造血干细胞每天必须制造2000亿个新的红细胞来保持氧气的流动，多年以来，科学家们一直认为血液的产生是在骨髓中进行的，但如今，一篇发表在国际杂志Blood Journal上题为“Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung”的研究报告中，来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现，血液的产生或许也发生在机体肺部组织中。文章中，研究人员发现，人类肺部组织中的造血干细胞能产生红细胞和巨核细胞（megakaryocytes），其能产生形成血栓的血小板。这或许就表明，肺部或许是挽救机体生命的干细胞移植的强有力的来源；医学博士Mark...

在癌症治疗领域，免疫疗法的出现无疑是一场革命，其能通过激活人体自身的免疫系统来攻击癌细胞，从而为多种癌症患者带来新的希望，然而对于前列腺癌患者来说，免疫检查点抑制剂的效果却不尽如人意，这种疗法在其它癌症的治疗中取得了显著的疗效，但在前列腺癌中却一直未能发挥其应有的作用；这背后的原因一直困扰着科学家们。近日，一篇发表在国际杂志Cancer Immunology Research上题为“Inhibition of PIM kinase in tumor-associated macrophages suppresses inflammasome activation and sensitizes prostate cancer to...

在日常生活里，我们或多或少都听说过神经系统疾病，像缺血性中风，它发病突然，不仅严重损害患者的身体健康，还极大地改变了患者及其家庭的生活轨迹。长期以来，医学领域一直致力于探寻更有效的治疗手段，以应对这些棘手的疾病。近期，ACS Appl Mater Interfaces发表的一项研究成果Engineering Extracellular Vesicles Secreted by Human Brain Organoids with Different Regional...

甜橙在世界各地都有栽培，但由于其单基因背景，遭受各种毁灭性的疾病。作物起源的阐明有助于新作物的驯化，从而更好地应对新的挑战。2025年3月5日，华中农业大学徐强团队在Nature Genetics 在线发表题为“Origin and de novo domestication of sweet...

想象一下，仅仅通过“想”就能控制机械臂完成抓取、移动和放下物体的动作——这听起来像是科幻电影中的情节，但如今，加州大学旧金山分校的科学家们已经将这一梦想变成了现实。在一项发表于《Cell》杂志的研究中，研究人员通过一种称为脑机接口（brain-computer interface, BCI）的设备，成功帮助一名瘫痪男子实现了对机械臂的精准控制，而且这种设备在不需要频繁调整的情况下，稳定工作了创纪录的七个月！脑机接口的“进化”脑机接口并不是一个全新的概念，但以往的设备通常只能工作一两天，随后就需要重新校准。这项新研究的突破在于，它结合了一种人工智能（AI）模型，能够适应大脑活动的微小变化，从而长期稳定地工作。研究的主要作者、加州大学旧金山分校神经学教授Karunesh...